1、交通警察支队

负责指导、规划全市道路交通管理工作；组织交通安全科学研究工作和交通信息化建设；组织开展和监督指导全市交通秩序管理，参与道路交通安全设施的规划建设和验收；组织开展和指导监督全市交通违法纠处，交通安全宣传以及交通警卫任务和交通管制工作；组织开展和监督指导全市车辆和驾驶员管理；组织开展和监督全市高速公路管理；组织开展和监督指导全市交通事故处理工作；完成上级交办的其它工作任务。

2、巡特警支队

负责全市巡防工作的组织指导、规划设计、综合研判、检查考核和监巡对接等工作；担负城市出入口卡口查报站值守、特定区域部位的武装巡逻、先期接警，为危难群众提供紧急救助；参与重大群体性事件处置、暴乱骚乱等重大治安事件处置、重大自然灾害救援；参与组织重大活动安全保卫和等级警卫任务；指挥协调全市巡特警参与执行跨区域调动支援任务；负责组织指导全市公安巡特警和特勤队伍建设；其他应当由巡特警支队承担的职责任务。

3、水上警察支队

负责指导全市水上治安管理工作；研究、掌握、分析水上治安动态；市区水上管辖区域的巡逻防范管理工作；组织协调处理水上突发性、群体性事件；指导水上派出所开展群防群治工作；水上大型活动的安全保卫工作。

内设综合科、长江治安管理大队。

4、治安警察支队

负责指导全市社会治安管理工作；查处违反治安管理规定的案件，妥善处理突发性、群体性事件；预测社会治安动向，研究制定对策；指导派出所、治保、保安联防等群防群治工作；检查、监督特种行业、公共场所和枪支弹药、爆炸物品、危险物品的管理工作；负责大型活动的安全保卫工作和集会、游行、示威的审批工作；负责人口、户籍、居民身份证以及流动人口等管理；督促、检查有关户政管理政策、法律规定的落实情况；检查指导全市公安机关执行居民身份证有关法律法规的情况。

支队下设：综合科、一大队、二大队、三大队、五大队、六大队。

5、南通市拘留所

负责对市区受治安拘留的人员执行治安拘留处罚。

6、南通市看守所

负责关押市区逮捕和刑事拘留的犯罪嫌疑人，对在押人员进行管理教育。

7、刑事警察支队

负责研究分析全市刑事犯罪活动的动态、特点及犯罪规律，适时提出全市刑事侦查工作的措施、对策，为领导决策提供依据；直接侦办特大刑事犯罪案件，组织侦办全市影响较大的大要恶性案件；组织协调、指挥跨县（市）、区串并大案和系列案件的侦查工作，组织全市重大疑难案件会诊和协调；负责全市刑事技术的运用、研究与培训，为各县（市）送检案件材料和支队直办的特大案件材料作出法医、毒化、痕迹、文检、物证的鉴定；负责全市报捕材料的法律指导；承担外地刑事案件的协查和协作工作，完成上级交办的其他刑事侦查任务。

支队下设：综合科、一大队、二大队、三大队、四大队、五大队、六大队、七大队、警犬大队。

8、人民警察培训学校

承担人民警察初任培训、警衔和职务晋升培训以及知识技能更新的培训任务；协助做好人民警察学历教育与管理工作；完成上级交给的其他培训任务。

9、南通市第二拘留所

负责对卖淫嫖娼人员进行收容教育和管理，对患有性病人员进行强制治疗。

10、经济犯罪侦查支队

负责对全市经济犯罪活动的分析研究，掌握经济犯罪的动态、规律和特点，为领导和上级机关制定政策、措施提供依据；指导、协调对全市生产、销售伪劣商品，走私，妨害对公司、企业的管理秩序，破坏金融管理秩序，金融诈骗，危害税收征管，侵犯知识产权，扰乱市场秩序，侵占、挪用公司、企业资金等犯罪案件的侦查；直接承办全市影响大、危害大的经济犯罪案件和上级交办的重大经济犯罪案；按规定对发案多、专业强的税务、烟草专卖、技术监督等部门驻派专门办案小组，打击破坏社会主义市场经济秩序的犯罪活动；开展经常性的预防经济犯罪的宣传、培训和检查活动，加强发案率较高部门和部位的防范措施，减少经济犯罪案件的既遂率。

支队下设：综合科、一、二、三、四、五大队。

11、南通市公安局车辆管理所

南通市青年东路199号负责机动车辆的检验与发牌、驾驶员考核与发证；负责路障管理，检查、监督交通运输情况，依法处罚违规车辆和驾驶人员。